ICS11. 020 CCS C 50 T/GRHA 广东省呼吸与健康学会团体标准 T/GRHA0001-2024 基于FFPE样本的非小细胞肺癌 相关基因突变高通量测序检测方法 The high-throughput sequencing method for detecting non-small cel lung cancer-associated gene mutations based on FFPE samples 2024-12-26发布 2025-01-01实施 广东省呼吸与健康学会 发布
T/GRHA 0001-2024 目次 前言 1范围.. 2规范性引用文件 3术语和定义 4缩略语.
5实验室分区、仪器设备及试剂.
6检测内容和范围 7样本采集、保存及运输， 8检测实验步骤 9数据处理和分析.
10性能确认， 11质量控制， 10 附录A（规范性） 采样方式和注意事项以及FFPE样本准备、保存与运输条件 附录B（资料性） 申请单模板与送检须知示例， 参考文献 17
T/GRHA 0001-2024 前言 本文件按照GB/T1.1-2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定 起草.
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本文件起草单位：广州金域医学检验集团股份有限公司、广州呼吸健康研究院、中山大学附属第一 医院、暨南大学附属第一医院、广州金域医学检验中心有限公司、广州迈景基因医学科技有限公司、哈 尔滨医科大学附属第四医院、北京大学深圳医院、广东省第二人民医院、中国人民解放军第九六二医院、 南京世和基因生物技术股份有限公司、北京吉因加、深圳市第二人民医院、延边大学附属医院、长沙市 中医医院、常德市第一人民医院、中国航天科工集团七三一医院、中国医科大学附属第一医院、大连市 理工大学附属中心医院、朝阳市第二医院、广州中医药大学深圳医院（福田）、河南科技大学第一附属 医院、齐齐哈尔医学院附属第三医院、互助土族自治县中医院、云南曲靖市第一人民医院、云南省昭通 市中医医院、德宏州人民医院、武汉大学中南医院、台州市中心医院、洛阳市中心医院、烟台毓璜顶医 院、安阳市人民医院、郑州市第三人民医院（郑州市肿瘤医院）、驻马店市第一人民医院、贵州省人民 医院、贵州省黔南州人民医院、贵州市第二人民医院、六盘水市人民医院、黔西南布依族自治州人民医 院、都匀市人民医院.
本文件主要起草人：祁德波、周承志、柯尊富、陆元志、蔡小强、常风启、牟文博、程雅婷、邓洪 洪、李梦真、才旭、路德娟、吴晓红、栾嵩、孙瑞琳、杨家盛、赵守焱、申健、张秀艳、易玉婷、王佳 威、莫南勋、刘向前、李维、张敏、苏炜欣、张松男、孙姐、邹孔军、杜维、刘庆、成尚涛、相科羽、 吴志军、闵先军、孔德磊、汪洋、姚冬梅、张智伟、毛毅敏、石寒冰、牟海军、姜云飞、石大泉、白文 琴、李宏伟、付玉东、鲜昌毅、钱俊、余露、陈保富、卢洪胜、黄建伟、赵琪、刘杰、王永亮陈露、 孔天东、李林野、彭春红、叶贤伟、吴熙、方银、黎莉、肖霄、梁伟、朱文煜、龙秀、李林、孔伟英、 据桂平.
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T/GRHA 0001-2024 基于FFPE样本的非小细胞肺癌 相关基因突变高通量测序检测方法 1范围 本文件规定了采用高通量测序技术对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本进行非小细胞肺癌 （NSCLC）相关基因突变的检测方法和操作流程，以及性能确认和质量控制等.
本文件适用于临床医学领域中涉及高通量基因测序项目研发和应用的医疗卫生机构、第三方检测机 构、技术研发企业等.
本文件适用于拟接受靶向治疗的浸润性腺癌或含腺癌成分的NSCLC患者，包括IB-IIIA期术后和IIIB 期以上晚期患者.
经活检组织病理学确诊为鳞癌的晚期NSCLC患者携带可靶向的驱动基因机率较低，可 选择检测.
使用来源于其肿瘤组织的FFPE样本，检测具有靶向治疗药物的驱动基因变异并作为用药指导.
2规范性引用文件 下列文件中的内容通过文中的规范性引用面构成本文件必不可少的条款.
其中，注日期的引用文件， 仅该日期对应的版本适用于本文件：不注日期的引用文件，其最新版本（包括的修改单）适用于本 文件.
GB/T30989-2014高通量基因测序技术规程 GB/T35890-2018高通量测序数据序列格式规范 GB/T42216.3-2022/ISO20166-3:2018分子体外诊断检验福尔马林固定及石蜡包埋组织检验前 过程的规范 T/GDPMAA0011-2022医疗机构分子病理实验室建设规范 T/GDPMAA0012-2023高通量基因测序项目分类 3术语和定义 下列术语和定义适用于本文件.
3. 1 高通量测序High-throughputsequencing 又称为二代测序（Next-generation sequencing，NGS），能够一次对大量核酸分子进行平行序列 测定，通常一次测序反应能产出数百万至数亿条核酸片段的测序数据.
[来源：GB/T30989-2014，定义3.19，《高通量基因测序技术规程》，参考并修改] 3. 2 非小细胞肺癌Non-smallcel1lungcancer：NSCLC 非小细胞肺癌（NSCLC）是除小细胞肺癌（SCLC）以外、来激于肺上皮的各种类型癌症的集合 体：常见类型有鳞状细胞癌、腺癌、大细胞癌等.
NSCLC的发生率占肺癌总发生率的80%-85%，如果没有 特别说明，肺癌指代非小细胞肺癌.
[来源：国家卫生健康委肿瘤和血液病相关病种诊疗指南（2022年版），《原发性肺癌诊疗指南（2022 年版）》，参考并修改] 3. 3 福尔马林固定石蜡包埋Formalin-fixedparaffinembedded;FFPE 一种在组织学和病理学领域中常用的技术，用于制备组织样本以供显微镜下观察分析和组织保存.
这个过程通常分为三个主要步骤：固定（用标准中性福尔马林溶液处理样本使其稳定）、脱水（将固定 1
T/GRHA 0001-2024 后的组织浸泡在一系列浓度梯度不断增加的脱水试剂溶液中，最后用无水溶液处理，从面去除组织中的 水分）、包埋（将脱水后的组织样本放入熔化的石蜡中制成蜡块，以便可以制作切片用于后续处理）.
[来源：GB/T42216.3-2022/ISO20166-3：2018，《分子体外诊断检验福尔马林固定及石蜡包埋 组织检验前过程的规范》，参考并修改] 3. 4 引物 Primer 引物是指在DNA复制过程中，结合于模板链上并作为复制延伸的起始位点的具有一定长度和顺序的 寡核苷酸链.
[来源：T/GDPMAA0012-2023高通量基因测序项目分类，参考并修改] 3.5 扩增子测序Amplicon sequencing 使用多对引物进行的PCR反应对目标序列进行扩增，并对产生的核酸产物进行高通量测序.
[来源：T/GDPMA0012-2023高通量基因测序项目分类，T/GDPMAA0011-2022 医疗机构分子病 理实验室建设规范，参考并修改] 3.6 探针捕获Probecapture 探针捕获是指通过设计合成有效的特异性探针，与待测样本中的基因组DNA进行杂交，从而将含有 靶序列的DNA片段进行分离和富集，并用于高通量测序.
[来源：GB/T30989-2014，定义3.5，《高通量基因测序技术规程》，参考并修改] 3. 7 文库Library 通过生物来源的、人工合成的或克隆技术等获得的一个重建分子群，如基因组文库、互补DNA文库、 噬菌体展示肤文库等.
[来源：GB/T30989-2014，定义3.5，《高通量基因测序技术规程》] 3.8 测序覆盖率Coveragerateof sequencing 参考序列目标区域中被样本测序序列覆盖的比例（测序覆盖率=目标区域内测序序列覆盖长度÷参 考序列目标区域非N碱基总长度）.
[来源：GB/T30989-2014，定义3.30，《高通量基因测序技术规程》，参考并修改] 3.9 测序深度Depth of sequencing 待测样本中某个指定的核苷酸被检测的次数.
[来源：GB/T30989-2014，定义3.31，《高通量基因测序技术规程》] 3. 10 碱基识别质量Qualityofbasecalling 评价碱基准确识别的概率.
简称为Q，通常以数值表示，定义为Q=-101og10P.
碱基识别质量值与碱 基识别错误率负相关，二者遵循对数函数关系.
碱基识别质量值越高，错误率越低.
如Q30指测序数据 中，碱基识别质量值为30的碱基识别准确率为99.9%，或错误率为0.1%.
[来源：GB/T30989-2014，定义3.29，《高通量基因测序技术规程》] 3. 11 参考序列Referencesequence 测序片段对应的物种基因组序列.
[来源：GB_T35890-2018，定义3.11，《高通量测序数据序列格式规范》] 3. 12 变异Variation 样本中和参考序列不一致的核苷酸碱基序列，包括单核苷酸变异、插入型变异、缺失型变异、插入 缺失型变异、拷贝数变异、融合基因变异等.
[来源：T/SZGIA4-2018，定义3.6，《临床单基因遗传病基因检测报告规范》，参考并修改]
